Ia dan suaminya sempat melarikan diri Paris pada 20 Juni 1971, tetapi pasukan Revolusioner menangkap keduanya di Varennes, Perancis lima hari kemudian.
Marie dan suaminya, Louis XVI dieksekusi atas perintah dari Konvensi Nasional pada Januari 1973 dan dimasukkan ke sel isolasi di Conciergerie, Perancis.
Bertolak belakang dengan kehidupannya di istana, Marie menghabiskan sisa hidupnya di penjara-penjara Perancis.
Pada 14 Oktober 1793, ia dan suaminya dibawa ke hadapan pengadilan Revolusi Perancis dan dua hari kemudian, tepatnya 16 Oktober 1793, Marie dan Louise XVI dieksekusi.(*)